第一个体系是流域水环境监测体系。福建省在主要水系设置134个省控监测断面,在117个主要水源地布设省控监测点,在主要湖库和城市内河分别设置了11个、29个省控监测点(断面)。在重点流域的设区市交界断面、入海断面建设10个水质自动监测站,实施连续自动监测。各市、县(区)分别设置市、县控监测断面分级监测。
第二个体系是重点污染源监测体系。在152家省重点排污单位安装在线监控设备,进行连续在线监控。
第三个体系是环境应急监测体系。全省各级环境监测站仪器设备投入从2000年约0.4亿元增至目前的2.3亿元,88个环境监测站已有75个监测站通过环境监测的计量认证;各级环保部门制定了突发环境事故应急预案,基本形成了覆盖全省的应急监测网络。